NCBI PubMed 检索简介与检索技巧集锦
注:在本文中的叙述中,所有输入PubMED检索框中的内容均用<>符号括起来,如以基因治疗为主题词检索,在检索框中的输入内容表示为<"Gene Therapy"[MESH]>。
PubMed简介
PubMed是由隶属于美国国家卫生部(NIH, National Institues of Health)的国家医学图书馆(NLM, Nationa Library of Medicine)下属的国家生物技术信息中心(NCBI, National Center for Biotechnology Information)提供,可通过NCBI网站的Entrez检索系统(Entrez retrieval system)进行MEDLINE和PreMEDLINE引文数据库的在线免费检索。此外,PubMed还提供引文与其它数据库的接入服务,与提供期刊全文的出版商网址的链接,来自第三方的生物学数据,序列中心的数据,提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务,这个数据库归NCBI所有,其内容包括:DNA 与蛋白质序列,基因图数据、3D蛋白构象,人类孟德尔遗传在线。Entrez检索系统是NCBI在线提供的一类基于文字进行搜索与索取的检索系统,可检索NCBI网站的主要数据库,如PubMed,核酸与蛋白序列,基因组序列,蛋白结构,OMIM等等。PubMed是一类提供生物医学文献资料检索的数据库,此外,它还针对网上资源,提供全文地址及其它相关的NCBI提供的网上资源,如核酸蛋白序列、OMIM入口等,以及其它生命科学数据库。其文献内容的提供方式,由各期刊出版商在期刊发表前可发表时提供给NCBI。如果该出版商有网站,则NCBI会提供相应的网络出口。MEDLINE 及PubMed引文数据库中的新条目在每周周二至周六每日更新。
PubMed服务内容概括
基于互联网WWW的MEDLINE及PreMEDLINE引文数据库免费检索系统。
提供MEDLINE、PreMEDLINE与其他相关数据库接入服务,如NCBI的其它数据库DNA与蛋白质序列,基因图数据、3D蛋白构象,人类孟德尔遗传在线,及NCBI外的其它数据库。
提供期刊全文的出版商网址的链接,来自第三方的生物学数据,序列中心的数据等等。
PubMed系统是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)开发的用于检索MEDLINE、PreMED-LINE 数据库的网上检索系统。MEDLINE是美国国立医学图书馆(U.S.National Library of Medicine)最重要的书目文摘数据库,内容涉及临床医学、护理学、牙科学、兽医学、卫生保健和基础医学。收录了全世界70多个国家和地区的4000余种生物医学期刊,现有书目文摘条目1000万余条,时间起自1966年。
随着国内互联网的普及,网络已逐步地成为一名医务工作者获取多种信息的有效渠道。网络已成为医学研究者追踪国际研究进展,了解世界先进水平的一个重要手段。
传统的医学文献检索(MEDLINE)尽管在本地局域网提供的情况下,具有高速的特点。但与互联网
所提供的免费MEDLINE检索无法相比。
网上免费MEDLINE检索的主要优势包括:
更新速度快,能最快地了解世界各地的研究进展。
PubMed与MEDLINE的异同
MEDLINE是NLM最重要的索引期刊引文数据库和摘要(indexed journal citations),内容涉及临床医学、护理学、牙科学、兽医学、卫生保健和基础医学,其内容已覆盖了美国及其它70多个国家和地区的4,500余种期刊。MEDLINE所提供的引文索引内容是世界范围内的,但其中大部分为英语语种期刊,或者是有英文摘要的期刊。MEDLINE检索内容可起始于1966年,引文条目已超过一千万条,但MEDLINE所提供的在线检索内容只起始于1976年,而早于60年代中期(1966)的引文条目,则可在NLM所提供的OLDMEDLINE服务在线检索。所有在MEDLINE数据库中的文献均已加上了主题词和发表类型。MEDLINE数据库内容是NLM PubMed的最主要检索内容。PubMed除了MEDLINE数据库的内容外,还包括:
与MEDLINE生命科学有关的其它研究领域(如天文技术)的文献资料
在期刊内容还未列入MEDLINE之前的文献资料
一些递交了全文到PubMed中心(PubMedCentral),并经NLM评述了的其它生命科学期刊文献资料
由上可见,通过PubMed检索的医学文献资料比单纯地检索MEDLINE所获得的信息内容更多,更广泛,可检索到与生命科学有关的其它学科(如天文技术)在生命科学的应用。当然,如果检索者需要特定地检索MEDLINE数据库内容,可在检索页面点击“Limit”并从“Subsets”中选择MEDLINE,可达到对MEDLINE数据库的专一限制性检索。关于PubMed与MEDLINE的具体异同,读者也可参阅NLM提供的在线资料(见后附录)。
PreMEDLINE是一个临时性医学文献数据库。它每天都在不断地接受新数据,可为用户提供基本的文献条目和文摘,其文献条目在标引和加工后每周向MEDLINE移加一次。
自动术语匹配
自动术语匹配(automatic term mapping)是指PubMed对输入检索框中的检索词进行智能化地校地,将其逐步地与其数据库中的各类术语匹配的原则,依次为主题词表(MeSH (Medical Subject Headings) Translation Table),期刊表(Journals Translation Table),短词表(prase List),作者索引(Author Index)。
2.期刊匹配表(Journal Translation Table)