首都医科大学附属北京儿童医院是集医疗、科研、教学、保健于一体的三级甲等综合性儿科医院，前身是我国现代儿科医学奠基人诸福棠院士于1942年创办的北平私立儿童医院。医院总占地面积7万平方米，建筑面积12万平方米，编制病床970张，年门诊量300余万人次，住院病人7万余人次，手术逾2.3万例。2017年，医院被国家卫生健康委(原国家卫生计生委)批准成为国家儿童医学中心，2019年被批准设立国家儿童肿瘤监测中心，为儿童血液病、恶性肿瘤防控提供大数据支撑。
第二名复旦大学附属儿科医院儿科
复旦大学附属儿科医院创建于1952年，由西门妇孺医院分院、中国红十字会第一医院儿科和中山医院儿科合并而成，原名上海第一医学院附属儿科医院，医院专业设置齐全，共有45个临床医技科室，2010年、2011年、2013年先后有7个专科被确定为国家临床重点专科，包括：新生儿、重症医学科、小儿消化科、中医儿科、新生儿疾病重点实验室、临床护理、小儿外科。新生儿、外科、心血管、传染病等专业曾先后被列为卫生部临床学科重点专业，新生儿科是上海市医学重点学科，儿科学是上海市重中之重重点学科，小儿外科是上海市小儿外科疑难重症临床医学中心，呼吸急救专业是上海市医学领先专业。
第三名重庆医科大学附属儿童医院儿科
重庆医科大学附属儿童医院于1956年由上海医学院儿科系迁渝创建，是集医教研为一体的国家三级甲等综合性儿童医院，国家临床医学研究中心。最早被国家授予儿科学硕士、博士学位授予点、博士后流动站，是首批儿科学国家重点学科、教育部重点实验室、国家级国际科技合作示范基地、国家一流本科专业建设点、国家级继续医学教育基地、国家级教学团队、国家精品课程、国家食品药品监督管理局药物临床试验机构、全国儿科唯一的住院医师规范化培训示范基地、国家级儿童早期发展示范基地、儿科唯一获得肝移植资质的儿童医院、国家干细胞临床研究备案机构；拥有5个重庆市重点实验室和3个工程中心,全国文明单位。在全国最佳医院排行榜中连续多年位居全国儿童医院第三位，2018年度儿内科综合排名居全国儿童医院第三位，儿外科居第三位，科研产出居第一位。2018年中国医院科技量值(SETM)排名中，我院综合居全国儿童医院第二位。