在入朝之前，他还“乃疏请募兵川、浙，并调蓟、辽、宣、大、山、陕兵及福建、吴淞水师，刘綎督川、汉兵听剿。”但是军队集结也是需要时间的，可敌人不会等你部署完，六月份，日军再次卷土重来，七月份日军一举攻陷梁山、三浪、庆州，朝鲜水军统制使元均在闲山岛大败，全军覆灭，日军直向南原而来，到八月十二日，已经完成对于南原的包围。
前文说过，守卫南原的杨元手下只有3000多辽军外加1000多朝鲜军。而围攻的日军却有三万人。接下来让我们欣赏一下杨元大将军的“精彩”表现。日军围城之后，每日派出散兵持铁炮（火绳枪）与城上守军对射，守军以小型火炮还击，很明显在这种对射之中，明军明显处于劣势，伤亡人数日益增多。
日军还割朝鲜人的稻田以填埋城外的壕沟，并且修筑木栅栏以防止守军突围，并且不断用铁炮骚扰袭击城上的明朝守军，此时在南门外残存的朝鲜民居的石墙无疑成了日军火枪手最好的掩护。很明显直到十六号日军趁着夜色登城的时候，杨元部明军以及全罗兵使李福男的朝鲜军一直处于十分被动的状态。
日军发动突袭之后，明朝守将杨元直接从梦中惊醒，之后带着十八个骑兵“跣足逃走”，此时南原城已经彻底被火器声、喊叫声、刀剑碰撞声、哭喊声湮没，好不容易冲到大门的明军又遭到日军围堵......
杨元跑了三天三夜，直到恩肆馆才停下，此时他身旁只有不到120个骑兵，其余明军包括李福男，金敬老（朝鲜驻防将）领的1000朝鲜军以及南原全城百姓全部被残杀。南原失守之后，陈愚衷直接放弃全州（毕竟手下只有2000人，而且当地朝鲜人不配合）。日军即将直捣王京。