上海交通大学医学院附属仁济医院功能神经科是仁济医院根据国际上先进的“以疾病为治疗单元”理念而组建的一个全新学科，打破了内外科分而自治的传统观念，对以往需要多学科会诊的神经系统疾病，诸如癫痫、帕金森氏病等锥体外系疾病、精神疾病和顽固性疼痛等，整合国内一流的神经外科、神经内科、儿科及电生理专家于一个科室，针对患者制定高度个体化的药物、手术和电生理调控等一门式诊疗方案。其突出优势是既能避免病人及家属辗转于多个科室之间，又能最大效益地发挥各科专家之所长。功能神经科前身为上海仁济医院癫痫外科诊疗中心，成立于2003年，是华东地区首个癫痫外科诊疗中心，在华东地区乃至国内有良好的声誉和较高的知名度。目前已经对超过5,000例药物难治性癫痫患者进行了详细的术前致痫灶定位检查。2011年成立迷走神经刺激技术中国地区医师培训基地，接收全国专业医师的培训及操作指导。
新组建成立的功能神经科，配置了14台美国Nicolet长程视频脑电检测系统，术中电生理监测系统，独立术外监测病房、独立大脑皮层功能评估病房，是目前华东地区最大规模的视频脑电监测系统。科室还配备了国际上最先进的BrainLab神经导航工作站、Leksell立体定向系统和射频仪等设备，借鉴国外先进的管理经验和技术方法，是目前华东地区最大规模的视频脑电监测系统。
功能神经科还引进了国内专攻癫痫、帕金森病、精神疾病、疼痛等方面的神经外科、神经内科、儿科和电生理专家。科室医生均有赴法、德、美等国际功能神经中心学习、交流的经历，并与国外多个神经医学中心保持良好的合作关系。
上海仁济医院功能神经科是华东地区配备最完善的功能性疾病治疗团队。现有正教授3名，副教授2名，主治医师2名，住院医师及研究生10名，专职手术脑电图医师3名。每年培养研究生3-6名。现承担国家自然基金项目一项，上海市科委重点科研项目两项。
上海仁济医院功能神经科特色：术中及术外大脑皮层/深部脑电图;病灶精确定位术外大脑皮层电刺激;功能区精确定位术中唤醒麻醉;最大限度保留语言、运动功能术中神经导航系统;微创、精确切除病灶大脑立体定向技术;大脑深部核团精确定位迷走神经刺激术（VNS）全球癫痫治疗最新进展