扁甲系（Cucujiformia）昆虫是鞘翅目(Coleoptera)多食亚目(Polyphaga)中最大的一个类群，包含92个科，超过173000种，是鞘翅目中进化最成功的类群之一。扁甲系昆虫具高度的生态适应性，能在各类生境中生存和繁衍，不仅包含众多的农、林、牧、渔害虫，同时也包含众多的天敌、传粉和药用昆虫，在经济上具有重要意义。因此，理解其进化历史，重建其稳定的系统发育关系至关重要。然而，由于扁甲系昆虫形态多样性和栖息地的广泛分布，对各类群很难有充分的采样，使得基于形态学的进化分析困难重重。此外，分子标记的选择和数据集的处理往往只局限于有限的基因样本，限制了对扁甲系深层系统发育关系的重建，特别是扁甲系内部深层节点系统发育关系、扁甲总科（Cucujoidea）单系性问题等充满争议。这些问题极大妨碍了对扁甲系昆虫进化的理解。近年来，随着转录组和基因组在昆虫研究中的应用，大量的组学数据可以应用到昆虫系统发育研究中，这为解决扁甲系内部的系统发育关系提供了大数据基础。
