（RCSB Protein Data Bank）
蛋白质结构数据库（PDB数据库）成立于 1971 年。在最初的几年里，数据库规模非常小，包含一些开创性的结构。对于每个结构，PDB数据库包含其三维坐标，即每个原子的X、Y、Z坐标。
科学家们是如何“看到”原子的？在 1970 年代，唯一的方法是 X 射线晶体学，蛋白质在纯化和浓缩时会形成晶体。在晶体内，蛋白质的许多拷贝以对称阵列排列。当X 射线束撞击晶体时，X散射会散射成独特的斑点图案。然后分析这些 X 射线衍射图以确定原子在蛋白质中的位置。1913 年，父子团队 henry 和lawrence bragg 率先阐述了如何解释 X射线衍射图样。他们在实验中使用了氯化钠晶体，后来，J.D.Bernai 指导了许多世界级的研究人员，他们使用 X 射线晶体学研究各种日益复杂的物质。1958年，John Kendrew 使用X射线晶体学确定了蛋白质肌红的第一个原子结构，由此诞生了结构生物学领域。
越来越多的科学家开始研究蛋白质的3D结构。到20世纪70年代，不同的实验室已经破解了十几个原子结构。世界各地的研究人员都对这些 3D 结构揭示的内容很感兴趣。但是在互联网出现之前，数据共享很困难。早期的PDB结构存储在纸质穿孔卡片上，每张卡片包含大约1个原子信息。PDB数据库的建立就是为了解决这个问题。科学家们将数据存入PDB数据库，PDB数据库再将数据复制到磁带上，并根据要求分发给研究人员。 1980年10月，在PDB数据库成立10 年后，数据库包含151个可供分发的结构。一年后，第一个 DNA结构被添加到 PDB中。
1989年，第一个通过核磁共振光谱（NMR）生物物理方法确定的结构被存放到PDB数据库中。在这种方法中，将纯化的蛋白质与特殊溶剂混合并插入核磁共振探针中，然后蛋白质样品暴露在强磁场中，这使得某些原子的原子核，如氢，像陀螺一样自旋。当用无线电波探测样品时，原子核会被激发并发生共振，频率被测量并记录下来。原子的周围环境决定了频率的高低。使用计算方法，将测量值被转换成图表来表示。将频率表示为具有特定原子组特定位置的峰值。此信息进一步完善并与其他核磁共振实验结合，以确定 3D结构。事实证明，核磁共振方法可有效解决较小蛋白质的 3D 结构，并让我们独特地了解蛋白质在溶液中的行为方式。
1991
年，PDB发布了第一个使用
1995年，首次可以通过www.Pdb.bni.gov 网站访问PDB数据库。然而，配备浏览器的新网站标志着数据分发的新篇章。研究人员仍然可以请求 CD ROM上的完整档案。1999年，第10000个结构被发布到PDB数据库中。2004年，物理媒体上的PDB档案分发停止，在那时，互联网和计算机技术使所有数据操作都可以通过新成立的全球PDB组织成员维护的FTP服务器和门户网站在线完成。2008年，PDB数据库的条目数达到另一个里程碑——50000个结构。2014 年这个数量翻了一番。2021年，随着PDB数据库进入了它的黄金时代，数据库中有超过 170000个结构。越来越多的蛋白质和核酸3D结构加深了我们对生物学的理解，并帮助我们探索生命在原子水平上的运作方式。涉及分子结构的许多项目获得了诺贝尔奖。
结构生物学研究对于解决重大突发公共卫生事件至关重要。例如科学家利用 HIV 蛋白的结构来设计药物，以阻止病毒繁殖。在当今世界面临新冠大流行时，结构生物学家正在探索其病毒蛋白，以寻求新疗法和疫苗。