寓言
2000年，新世纪开始计年，但末世情节还未消散，王菲推岀《寓言》，这是她在概念专辑上迈出的一大步。却由于必须照顾商业市场，没有做到极致。唱片被分割为两个部分，前五首“寓言”浑然一体，王菲自己作曲，林夕填词，用神话、传说、文学、电影、宗教的词汇来配合张亚东的编曲，MV亦充满诡异晦涩的气息。虽然专辑前五首概念完整无懈可击，后五首（并附两首粤语歌）却明显向商业化靠拢，导致在这张专辑上歌迷也明显分为两派。亦有人无比惋惜地表示，如果她10首歌都是前五首的风格，整张专辑会成为流行乐经典之作。
但由于与“情变”事件的贴合，《给自己的情书》（国）（《笑忘书》（粤））还是毫无意外地成为K房大热。
日剧主题曲《Separate Ways》封面
王菲2001
2001年，王菲与谢霆锋的忘年恋已经成为媒体竞逐的焦点，这年，王菲也开始大肆开拓日本市场，为富士电视台拍摄了日剧《ウソコイ》（中译《大话姻缘》或《弄假成真》）并演唱主题曲《Separate Ways》。
同年，她推出在百代最后一张的中文唱片《王菲》，与在百代的第一张《王菲》同名。
《将爱》内页
将爱
2002年，王菲与Sony Music签下四张唱片的合约，并在2003年推出新专辑《将爱》，在这张专辑中，王菲放弃了与香港人山人海班底的尝试，亦没有再继续两岸三地+新加坡“大杂烩”道路，由她自己和张亚东担当唱片监制。
她写了《将爱》、《不留》、《阳宝》、《四月雪》的四首曲，张亚东也贡献了电子乐风浓厚的《夜妆》和《烟》。离上次《王菲》（1997）翻唱Cocteau Twins时隔7年后，王菲再次翻唱欧美歌手，这次将目光投向了瑞典歌手Sophie Zelmani，原曲被改编为《乘客》及粤语版《花事了》。跟上一张专辑相同，这张专辑中依然收录了谢霆锋的一首创作《MV》。
除了《将爱》的摇滚风格，整张唱片的编曲方向从百代时期的绚烂缤纷转向了内敛澄净，仿佛也预示着她已向往清平无心在娱乐圈恋战。
华丽的熟女造型
为人津津乐道的眼妆
最后的巡演
不再，见
2004年，王菲与李亚鹏的恋情悄然开始，但王菲对于自己的恋情一如既往地沉默。2005年5月底，王菲的经理人陈家瑛向媒体表明：王菲已开始“无限期休息”，而张亚东也对媒体透露，“她已经不打算再唱歌了”。2006年5月27日，北京协和医院，王菲产下第二个女儿，取名李嫣。八月，李亚鹏在博客上承认女儿为天生腭裂婴儿，为了让更多兔唇婴儿得到帮助，王菲与李亚鹏成立“嫣然天使基金”，久休的王菲再次谱写《爱笑的天使》，并找来林夕填词，赠与女儿，并将其作为基金启动晚会的主题歌。
再，见